Hıristiyanlığın Kapadokya ve Likonya'da (Konya) yayılması sırasında bu yeni dini kabul edenlerin takibe uğraması ve inanmayanlar tarafından öldürülme korkusu, Hz. İsa'ya inananları dağlık bölgelerdeki mağara kaya oyuklarında ibadete zorlamıştır. St. Paul ve yine Tarsus'ta yaşamış Hıristiyanlık öncülerinden Barnabas ile birlikte Hıristiyanlığı yaymak için Konya-Kapadokya ve Antalya-Antakya'ya kadar maceralı yolculuklar yapmıştır. İşte bu iki Hıristiyan Aziz'in gezileri sırasında konakladıkları her yerde anılarına mabetler yapılmıştır. Alahan Manastırı da bunlardan biridir.